Kod Datamatrix jest jednym z najczęściej spotykanych w systemach zarządzania magazynem.
Wielowymiarowy program do magazynowania optymalizuje takie składowe funkcjonowania przedsiębiorstwa jak gospodarka magazynowa czy stany magazynowe. Przy pomocy technik automatycznej identyfikacji wykorzystujących kod Datamatrix można zarządzać przepływem towarów oraz racjonalnym rozmieszczaniem zapasów. System magazynowy online może być przeznaczony także do rejestracji dokumentów magazynowych i na ich podstawie obrazować stany magazynowe. Wzbogacony o możliwości, jakie niosą ze sobą techniki automatycznej identyfikacji, program WMS charakteryzuje się bardziej rozbudowanymi możliwościami realizacji operacji magazynowych.